清军平定准噶尔贵族叛乱之战，起于清康熙二十九年（1690年），迄于清乾隆二十二年（1757年），迭经三 朝，历时70年，最终弭叛息乱，取得了完全胜利。
　　明末清初，中国北方的蒙古族分为三大部：在今内蒙古地区的是漠南蒙古，在原外蒙古一带的是漠北喀尔喀蒙古，游牧于天山以北一带的是漠西厄鲁特蒙古。厄鲁特又称卫拉特，又分为四部，即和硕特（游牧于今新疆乌鲁木齐地区）、准噶尔（游牧于今伊犁河流域）、土尔扈特（游牧于今新疆塔城地区）、杜尔伯特（游牧于今额尔齐斯河流 域）。四部中，准噶尔部势力最强，先后兼并了土尔扈特部及和硕部的牧地，迫使土尔 扈特人转牧于额济勒河（今伏尔加河）流域，和硕特人迁居青海。到噶尔丹执政时，在吞并杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部后，进占青海的和硕特部，又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。沙皇俄国为达到侵略中国西北边疆的目的，对噶尔丹进行拉拢利诱。康熙二十六年（1687年）底，沙俄参加中俄边界谈 判的全权代表戈洛文，在伊尔库茨克专门接见了噶尔丹的代表，阴谋策动噶尔丹叛乱， 支持他进攻喀尔喀蒙古。在沙皇俄国的唆使下，噶尔丹率兵进攻喀尔喀蒙古。
　　康熙二十七年（1688年），噶尔丹亲率骑兵3万自伊犁东进，越过杭爱山，进攻喀尔喀，占领整个喀尔喀地区。喀尔喀三部首领仓皇率众数十万分路东奔，逃往漠南乌珠穆沁（今内蒙古乌珠穆沁旗）一带，向清廷告急，请求保护。康熙一面把他们安置在科尔沁（今内蒙古科尔沁旗）放牧，一面责令噶尔丹罢兵西归。但噶尔丹反而率兵乘势南下，深入乌珠穆沁境内。对于噶尔丹的猖狂南犯，康熙二十九年（1690年）六 月，康熙亲征，分兵两路迂回北进，消灭噶尔丹军于乌珠穆沁地区。
　　康熙亲临博洛和屯（今内蒙古正蓝旗南）指挥。同时令盛京将军（治所今辽宁沈阳）、 吉林将军（治所今吉林市）各率所部兵力，西出西辽河、洮儿河，与科尔沁蒙古兵会合， 协同清军主力作战。右路军北进至乌珠穆沁境遇噶尔丹军，交战不利南退。噶尔丹乘势 长驱南进，渡过沙拉木伦河，进抵乌兰布通。清左路军也进至乌兰布通南，康熙急令右 路军停止南撤，与左路军会合，合击噶尔丹于乌兰布通，并派兵一部进驻归化城（今内 蒙古呼和浩特），伺机侧击噶尔丹归路。
　　马兰布通位于克什克腾旗（今内蒙古翁牛特旗西南）之西。该地北面靠山，南有高 凉河（沙拉木伦河上游的支流），地势险要。噶尔丹背山面水布阵，将万余骆驼缚蹄卧 地，背负木箱，蒙以湿毡，摆成一条如同城栅的防线，谓之“驼城”，令士兵于驼城之 内，依托箱垛放枪射箭。清军以火器部队在前，步骑兵在后，隔河布阵。八月初一中午， 交战开始。
　　清军首先集中火铳火炮，猛烈轰击驼阵，自午后至日落，将驼阵轰断为二，然后挥 军渡河进攻，以步兵从正面发起冲击，又以骑兵从左翼迂回侧击，噶尔丹大败，仓皇率 全部撤往山上。次日，遣使向清军乞和，乘机率残部夜渡沙拉木伦河，狼狈逃窜，逃回 科布多（今蒙古吉尔噶朗图）时只剩下数千人。
　　噶尔丹自乌兰布通失败后，公裂叛乱之心未死，他以科布多为基地，招集散亡人员， 企图重整旗鼓，东山再起。为防御噶尔丹再次进攻，康熙采取了以下措施：调整部署， 加强边境守备；巡视漠北诸部，稳定喀尔喀蒙古上层，将逃居漠南的喀尔喀蒙古分为左 中右三路，编为37旗；设立驿站和火器营，沟通内地与漠北地区的联络，专门训练使用 火铳火炮。康熙三十三年，清廷诏噶尔丹前来会盟，噶尔丹抗命不至，反而遣兵侵入喀 尔喀，康熙遂决定诱其南下一战歼之。为使此次作战顺利进行，清军在战前做了充分准 备：调集兵马，征调大批熟悉情况的蒙古人为向导，随军携带5个月口粮，按每名士兵 配备一名民伕四匹马的标准，组成庞大的运输队，备有运粮大车6000辆，随军运送粮食、器材；筹备大量防寒防雨器具，准备大批木材、树枝，以备在越过沙漠和沼泽地时铺路。
　　康熙三十四年九月，噶尔丹果然率3万骑兵自科布多东进，沿克鲁伦河东下，扬言借得 俄罗斯鸟枪兵6万，将大举内犯。 在此形势下，康熙决定再次亲征，次年二月，调集9万军队，分东中西三路进击： 东路9000余人，由黑龙江将军萨布素率领越兴安岭西进，出克鲁伦河实行牵制性侧击； 西路4．6万人由抚远大将军费扬古为主将，分别出归化、宁夏（今宁夏银川），越过沙 漠，会师于翁金河（今蒙古德勒格尔盖西）后北上，切断噶尔丹军西逃科布多之路；康 熙自率中路3．4万人出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其他两路 约期夹攻，企图歼灭噶尔丹军于克鲁伦河一带。三月，康熙率中路军出塞。五月初，经 科图（今内蒙古苏尼特左旗北）继续渡漠北进，逐渐逼近敌军。噶尔丹见康熙亲率精锐 前来，又闻西路清军已过土剌河，有遭夹击的危险，便连夜率部西逃。五月十三日，清 西路军进抵土剌河上游的昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南），距噶尔丹军15公里扎营。昭 莫多，蒙语为大森林，位于肯特山之南，土剌河之北，汗山之东。费扬古鉴于清军长途 跋涉，饥疲不堪，决定采取以逸待劳、设伏截击的方针，先以400骑兵挑战，诱使噶尔丹军入伏。噶尔丹果然率兵进击，企图 攻占清军控制的山头。孙思克率兵据险防守，双方激战一天，不分胜负。此时费扬古指挥沿河伏骑分兵一部迂回敌阵，另一部袭击其阵后家属、辎重，据守山头的孙思克部奋呼出击。噶尔丹军大乱，夺路北逃，清军乘夜追击15公里以外，俘歼数千人，收降 3000人，击毙噶尔丹之妻阿奴。噶尔丹仅率数十骑西逃。
　　在噶尔丹率军东侵喀尔喀之际，其后方基地伊犁地区被其侄策妄阿拉布坦所袭占。 加之连年战争，噶尔丹“精锐丧亡，牲畜皆尽”，噶尔丹兵败穷蹙，无所归处，所率残部不过千人，羸弱不堪，内部异常混乱。康熙三十六年二月，康熙鉴于噶尔丹拒不投降，再次下诏亲征。噶尔丹在众叛亲离的情况下，服毒自杀而死，至此康熙时期平定噶尔丹叛乱之战始告结束，喀尔喀地区重新统一于清朝。
　　噶尔丹死后，策妄阿拉布坦便成为准噶尔部的统治者。随着他的统治地位的巩固和 地盘的不断扩大，又滋长了分裂割据的野心，沙皇俄国也积极支持其叛乱。策妄阿拉布坦在沙俄支持下，不断袭击清军据守的科布多、巴里坤（今新疆巴里坤）、哈密等军事重镇，并派兵侵入西藏，进行分裂叛乱活动。由于康熙及时派兵进藏协同藏军进行围剿， 才将策妄阿拉布坦叛乱势力赶出西藏。康熙逝世后，雍正继续坚持平定准噶尔贵族割据 势力的斗争。雍正五年（1727年）冬，策妄阿拉布坦死，其子噶尔丹策零继位后，在沙俄支持下，继续进行叛乱活动。从雍正六年以后，清朝多次出兵平定噶尔丹策零叛军。
　　十年七月，噶尔丹策零率军袭击驻扎于塔半尔河的清军。八月初，清军以精骑3万夜袭 其营，准噶尔军溃逃。 清军乘胜追击，将其大部歼灭于光显寺（今蒙古共和国鄂尔浑河上游），噶尔丹策 零被迫降附。
　　乾隆十年（1745年）噶尔丹策零死后，准噶尔部内乱，达瓦齐夺得汗位。清乾隆二十年（1755年）二月发兵5万直捣伊犁，达瓦齐猝不及防，兵败被俘。不久，归降清廷 的阿睦尔撒纳，因统治厄鲁特蒙古四部的野心未能得逞，聚众叛乱。
　　二十二年春，清廷遣军从巴里坤等地分路进击，叛军溃败，阿睦尔撒纳叛逃沙俄后病死。清军平定准噶尔贵族分裂叛乱的战争。