瞿昙寺三罗喇嘛在洪武二十五年（1392年）创建，明太祖朱元璋于次年以佛祖释迦牟尼的姓氏赐名为“瞿昙寺”,此后永乐、洪熙、宣德各朝钦派太监及匠师扩建。　　
　　瞿昙寺建筑组群划分为前院、中院和后院三进院落，中院和后院周匝廊庑；沿着中轴线序列山门、金刚殿、瞿昙殿、宝光殿和隆国殿；两侧对称建有御碑亭、小钟楼、小鼓楼、配殿、香趣塔和大钟楼、大鼓楼等。其中，前区基本呈汉地佛寺“伽蓝七堂”格局。后区巍峨壮丽，冠于全寺的隆国殿，两翼有呈向上朝拱之势连缀抄手斜廊，还有造型端庄的大钟楼和大鼓楼对峙左右，则明显仿自明代北京紫禁城的奉天殿(太和殿)和两翼抄手斜廊以及文楼(体仁阁)、武楼(弘义阁)的布局意象，堪称明清北京故宫的“活化石”。另外，主体建筑群东北，还有一组两进院的活佛住所即囊谦，为青海地区民居建筑风格。
　　瞿昙寺的汉式建筑风格十分典型，在类型众多的藏传佛教寺院中独树一帜，实际也是清代北京和承德等地大量兴建的汉式藏传佛教寺院的先声。其基本完好的的建筑遗存，包括风水格局、廊院、抄手斜廊、建筑彩画、壁画、御碑等等，为古代艺术、文物和建筑史等研究留下了具有重要价值的众多珍贵实物资料。全国第二批重点文物保护单位。